martedì, Dicembre 7

Covid-19: quanto dovremmo essere preoccupati per il nuovo ceppo AY.4.2 del coronavirus? L’analisi di Matthew Bashton, Darren Smith, Northumbria University, Newcastle

0

Non appena pensavi che tutto il discorso sulle nuove varianti Covid-19 fosse finito, c’è la notizia di un’altra ancora: AY.4.2. Ma cos’è, da dove viene e dovremmo preoccuparci?

AY.4.2 è quello che viene definito un ‘lignaggio’. Queste sono etichette date ai rami dell’albero evolutivo COVID per illustrare la loro relazione. Sono supervisionati dalla diligente rete Pango, un team congiunto di ricercatori delle università di Edimburgo e Oxford, che fungono da custodi dei lignaggi e gestiscono l’assegnazione di nuovi.

Se torniamo ad aprile di quest’anno, possiamo risalire alle origini di AY.4.2. Il nostro team in Northumbria, che lavora come parte di Cog-UK, il consorzio britannico che sequenzia i genomi dei campioni COVID per vedere come sta cambiando il virus, aveva appena sequenziato due campioni collegati tramite la storia dei viaggi in India.

All’epoca sapevamo che il lignaggio che circolava in India era B.1.617, ma i casi che avevamo campionato non corrispondevano a questo. Le varianti si distinguono per le diverse mutazioni che hanno nel loro materiale genetico e, osservando le mutazioni nei nostri campioni, è apparso che nei nostri casi mancavano alcune delle mutazioni comunemente accettate di B.1.617 ma ne avevano anche di altre.

Quello che stavamo riportando ai colleghi di Cog-UK è stato classificato la settimana successiva come B.1.617.2, uno dei tre principali sottolineaggi di B.1.617, e che in seguito è stato chiamato delta dall’Organizzazione Mondiale della Sanità.

AY è un ulteriore passo avanti evolutivo da qui. Una volta che l’etichettatura di un lignaggio raggiunge i cinque livelli di profondità, viene avviata una nuova combinazione di lettere per evitare che il nome diventi troppo lungo. Quindi le forme AY del virus non sono molto diverse da quelle precedenti, anche se la loro etichettatura è diversa. Sono tutte sottolinee del delta.

Ora sono stati identificati 75 lignaggi AY, ciascuno con diverse mutazioni di definizione aggiuntive nel loro genoma. Uno di questi – AY.4 – è cresciuto costantemente in proporzione nel Regno Unito negli ultimi mesi, rappresentando il 63% dei nuovi casi nel Regno Unito negli ultimi 28 giorni.

AY.4 ha un vantaggio?

Non siamo ancora sicuri se le mutazioni di AY.4 conferiscano un vero vantaggio o se la frequenza crescente del lignaggio sia semplicemente dovuta a quello che viene chiamato ‘effetto fondatore’. Questo è quando un sottoinsieme di virus viene separato dalla popolazione virale complessiva e quindi si riproduce in isolamento. Nell’area in cui si trovano i virus separati, tutti i virus successivi saranno quindi discendenti di questo sottoinsieme.

Con COVID, questo potrebbe essere accaduto per un singolo caso in un grande evento. Questo virus solitario sarebbe stato il “fondatore”, l’unico virus che si è diffuso all’evento. Se ha infettato un numero considerevole di persone, che in seguito ne hanno infettate altre, potrebbe aver accumulato rapidamente una grande quantità di virus tutti dalla stessa origine. A volte, per dominare una certa forma di virus, non deve essere migliore di altre: deve semplicemente essere nel posto giusto al momento giusto.

Ma, data la sua ascesa al dominio nel Regno Unito, AY.4 potrebbe avere un vantaggio selettivo. Il cambiamento determinante in AY.4 è la mutazione A1711V, che colpisce la proteina Nsp3 del virus, che svolge una serie di ruoli nella replicazione virale. Tuttavia, l’impatto di questa mutazione è sconosciuto.

Questo ci porta all’AA.4.2 – una sottolinea dell’AA.4 – che è stata notata per la prima volta alla fine di settembre, anche se sembra che sia emersa nel Regno Unito intorno a giugno. È definito da due ulteriori mutazioni genetiche, Y145H e A222V, che influenzano la proteina spike. La proteina spike è una parte fondamentale della superficie esterna del virus ed è la parte della sua struttura che utilizza per entrare nelle cellule.

AY.4.2 è cresciuto costantemente in volume al punto che ora rappresenta circa il 9% dei casi nel Regno Unito negli ultimi 28 giorni. È stato osservato anche in alcune nazioni europee: Danimarca, Germania e Irlanda, solo per citarne alcune.

Ma non è chiaro se le sue due mutazioni offrano al virus un vantaggio selettivo. L’A222V è stato precedentemente visto l’anno scorso nel lignaggio B.1.177 che probabilmente è emerso in Spagna e si è poi diffuso in tutto il nord Europa, molto probabilmente dai vacanzieri. All’epoca, molti erano scettici sul fatto che A222V conferisse un vantaggio. In effetti, l’aumento della forma del virus che è diventato noto come AY.4.2 sembra essersi verificato solo da quando ha acquisito la sua mutazione Y145H.

Questa mutazione si trova all’interno di un “supersito antigenico” della proteina spike, una parte della proteina che gli anticorpi riconoscono e prendono di mira frequentemente. Sappiamo che questa parte della proteina spike è già stata modificata una volta in precedenza da una mutazione nel materiale genetico del delta e che ciò potrebbe contribuire alla maggiore capacità del delta di sfuggire all’immunità, poiché di conseguenza gli anticorpi hanno difficoltà a prenderlo di mira. Tuttavia, la ricerca che esplora questo aspetto è ancora in fase di prestampa, il che significa che deve ancora essere formalmente rivista, quindi dobbiamo trattare i suoi risultati con cautela.

Ma è quindi possibile che la mutazione Y145H possa conferire al virus una capacità ancora maggiore di sfuggire all’immunità rendendo questo supersito meno riconoscibile agli anticorpi.

La controargomentazione è che, nonostante l’introduzione in diversi paesi europei, AY.4.2 non è riuscito a prendere piede, lasciando il radar in Germania e in Irlanda, anche se persiste in Danimarca. Ciò suggerirebbe che la sua capacità di aggirare l’immunità non è maggiore di quella delta. Allo stesso modo, potrebbe essere semplicemente che non c’era abbastanza di AY.4.2 in arrivo in questi luoghi perché prendesse piede.

Davvero, è troppo presto per dire se questo è l’inizio del prossimo lignaggio dominante. Qualsiasi capacità che potrebbe avere per sfuggire all’immunità deve essere confermata dal lavoro sperimentale. Chiaramente, però, l’emergenza mostra che c’è una continua necessità di sorveglianza genomica del virus.

 

L’informazione che non paghi per avere, qualcuno paga perché Ti venga data.

Hai mai trovato qualcuno che ti paga la retta dell’asilo di tuo figlio? O le bollette di gas, luce, telefono? Io no. Chiediti perché c’è, invece, chi ti paga il costo di produzione dell'Informazione che consumi.

Un’informazione che altri pagano perché ti venga data: non è sotto il Tuo controllo, è potenzialmente inquinata, non è tracciata, non è garantita, e, alla fine, non è Informazione, è pubblicità o, peggio, imbonimento.

L’Informazione deve tornare sotto il controllo del Lettore.
Pagare il costo di produzione dell’informazione è un Tuo diritto.
"L’Indro" vuole che il Lettore si riappropri del diritto di conoscere, del diritto all’informazione, del diritto di pagare l’informazione che consuma.

Pagare il costo di produzione dell’informazione, dobbiamo esserne consapevoli, è un diritto. E’ il solo modo per accedere a informazione di qualità e al controllo diretto della qualità che ci entra dentro.

In molti ti chiedono di donare per sostenerli.

Noi no.

Non ti chiediamo di donare, ti chiediamo di pretendere che i giornalisti di questa testata siano al Tuo servizio, che ti servano Informazione.

Se, come noi, credi che l’informazione che consumiamo è alla base della salute del nostro futuro, allora entra.

Entra nel club L'Indro con la nostra Membership

Condividi.
End Comment -->